Joan Sebastián
Gallego Murillo

Meatable (NL)

Científíco de bioprocesos • Feb, 2024 — Ago, 2024

Científíco de bioprocesos senior (Feb, 2024 — Ago, 2024):

• Dirigí 3 equipos multidisciplinarios (cada uno de 3-7 miembros) desarrollando los bioprocesos para la proliferación y diferenciación de líneas celulares animales en suspensión, y escalándolos a reactores de hasta 50 L para la producción eficiente de carne cultivada.
• Dirigí la integración de las estrategias de reducción de costos desarrolladas por el equipo de Medio & Ingredientes en los procesos de cultivos, logrando así una disminución de los costos de materias primas en un factor de 10X.
• Entrené y supervisé 2 estudiantes de maestría en sus prácticas empresariales en la compañía.

• Desarrollé una estrategia escalable (desde 3 L hasta 40 L de cultivo) para la separación de la biomasa producida durante el cultivo, incluyendo la transferencia tecnológica a una entidad externa (CDMO en Singapur).
• Desarrollé un sistema de cultivo en perfusión con el que se alcanzaron concentraciones celulares 14-20X más altas (hasta 80 g de biomasa húmeda/litro) durante proliferación comparadas con cultivos en fed-batch.
• Implementé equipos de tecnología analítica de procesos (PAT) en los procesos de cultivo, incluyendo la medición continua de concentración celular y de metabolitos (glucosa/lactato).
• Desarrollé formatos de documentación para el registro de datos metabólicos de todos los cultivos en biorreactores de la compañía, los cuales fueron usados para dirigir la optimización de los medios de cultivo y los perfiles de alimentación.

Sanquin Blood Supply & Delft University of Technology (NL)

Candidato doctoral • Nov, 2017 — Nov, 2023

Proyecto de colaboración entre el Departamento de Hematopoiesis de Sanquin, y el grupo de investigación en Ingeniería de Bioprocesos de TU Delft con el objetivo de escalar la producción de glóbulos rojos cultivados para transfusión.

• Escalé cultivos de eritroblastos humanos en suspensión, desde cajas de cultivo (10 mL) a biorreactores de tanque agitado de 500 mL y 3 L, con el objetivo de producir glóbulos rojos para transfusión.
• Desarrollé una estrategia de cultivo en perfusión para eritroblastos usando un sistema acústico de retención de células, alcanzando así concentraciones celulares 5X más altas.
• Cuantifiqué los requerimientos nutricionales de eritroblastos humanos en cultivo usando una metodología de perfilado metabolómico.
• Reduje los costos del medio de cultivo (-35%) al reemplazar una proteína (transferrina) por un análogo de menor costo (quelante orgánico del hierro).
• Participé en la traducción de los protocolos desarrollados en mi proyecto a prácticas correctas de fabricación (GMP) para una nueva instalación (Laboratorio de terapias celulares; Sanquin) en la que se producirán glóbulos rojos cultivados a gran escala.
• Dirigí los proyectos de fin de maestría de 6 estudiantes y supervisé a un técnico de laboratorio.
• Participé en colaboraciones con otros institutos de investigación (University of Colorado Anschutz, VU Amsterdam Systems Biology Lab) y con otra compañía (Applikon Biotechnology).
• Fui ayudante de cátedra para cursos de pregrado y maestría (Chemical Biotechnology; Numerical methods, modeling and simulation techniques; Integrated Biotechnology Practicum).

BioscienZ (NL)

Practicante en tecnología de bioprocesos • May, 2017 — Sep, 2017

• Evalué múltiples cepas de hongos para la producción de alimento para animales, enfocándome en un alto rendimiento de biomasa, la habilidad de crecer en un amplio rango de fuentes de carbono, tolerancia a pH bajo y temperaturas altas, y un alto contenido proteico.
• Cultivé las cepas seleccionadas en biorreactores de tanque agitado de 10 L y en una columna de burbujas de 12 L, en batch y fed-batch.
• Optimicé el proceso de deshidratación de la biomasa producida evaluando protocolos de filtración, prensado, y secado en lecho fluidizado.
• Los resultados finales de esta práctica llevaron a la patente EP3497203A1 “Single cell protein from thermophilic fungi” de la cual soy co-inventor.

Delft University of Technology (NL)

Investigador como estudiante de maestría • Ago, 2016 — May, 2017

Trabajo para el Proyecto final de maestría, en el grupo de investigación de Microbiología industrial (IMB). El proyecto estuvo bajo la supervisión de Jean-Marc Daran y Anja Brickwedde.

• Construí múltiples cepas de Saccharomyces para la caracterización de transportadores de azúcares (glucosa, sucrosa, maltosa, maltotriosa) relevantes para la producción de cerveza.
• Caractericé las cepas de Saccharomyces que fueron construidas usando microplacas y matraces agitados bajo múltiples temperaturas y con diferentes composiciones de sustrato.

Universidad de los Andes (CO)

Asistente graduado • Ago, 2013 — Ago, 2015

• Apoyé el proyecto de fin de maestría Cambios de ph durante el congelamiento y el derretimiento del agua y su relación con la electricidad atmosférica" (Salazar-Henao JS) tanto en experimentos de laboratorio como en análisis de datos.
• Ejecuté análisis estadísticos y espaciales de los perfiles de concentración de ozono atmosférica en las regiones polares.

Carnegie Mellon University (US)

Investigador visitante • Ene, 2012 — May, 2012

Trabajo de investigación en el departamento de Ingeniería civil y ambiental, bajo la supervisión de Kelvin Gregory. Diseñé y ejecuté experimentos para el estudio de las interacciones entre nanopartículas (de dióxido de titanio y de plata) y la materia orgánica disuelta, y los mecanismos toxicológicos de dichos materiales.

Universidad de los Andes (CO)

Undergraduate Teaching Assistant • 2008 — 2013

Apoyé a profesores de 6 cursos diferentes en los departamentos de ingeniería química, ingeniería civil y ambiental, y microbiología (Laboratorio de genómica y bioinformática; Operaciones unitarias; Tratamiento de aguas residuales; Hidráulica; Modelado y análisis numérico; Algorítmica y programación dirigida a objetos 1).

• Diseñé tareas, quizzes y exámenes de acuerdo al programa de los cursos.
• Dirigí sesiones prácticas y de discusión para 20-60 estudiantes.
• Apoyé en la estandarización de los sistemas de calificación de algunos de estos cursos de acuerdo a los requisitos para la certificación ABET.

Delft University of Technology (NL)

Doctorado en Ingeniería de bioprocesos • Nov, 2017 — Nov, 2023

Tesis: "Upstream process development for cultured red blood cell production" disponible aquí.

Delft University of Technology (NL)

Maestría en Ciencias y tecnología de la vida (Life Science & Technology) • Ago, 2015 — Ago, 2017

• Énfasis en (i) Ingeniería bioquímica y (ii) Fábrica celular. Este último se enfoca en ingeniería metabólica y técnicas de biología molecular.
• Graduación Cum Laude (promedio: 8.9/10.0).
• Honours Programme (más información disponible aquí).

Universidad de los Andes (CO)

Pregrado en Ingeniería química • 2009 — 2013

Graduacióm Cum Laude (promedio: 4.6/5.0).

Universidad de los Andes (CO)

Pregrado en Ingeniería ambiental • 2008 — 2012

Promedio: 4.6/5.0.

Lenguajes de programación

MATLAB (avanzado), Julia (intermedio), R (intermedio), Python (básico), Java (básico).

Software de ingeniería

COMSOL, M-STAR, SuperPro Designer, Aspen Plus, Aspen HYSYS, GAMS.

Otros software

FlowJo (citometría de flujo), Lucullus (recetas y registro de datos para cultivos en biorreactores), MetaboAnalystR, Minitab, CloneManager.

Laboratorio

Cultivos de células animales en suspensión y en agregados, cultivos en reactores de tanque agitado (0.2 L - 50 L), citometría de flujo, técnicas de biología molecular para la construcción de cepas de E. coli y Saccharomyces, western blots, HPLC, espectroscopía de absorción atómica.

Idiomas

Español (nativo), Inglés (TOEFL iBT 113/120), Neerlandés (A2).

Top 3 Mejores tesis doctorales de Sanquin en 2023

Sanquin Research • 2023

Evento interno de Sanquin (Nov. 24, 2023).

Justus & Louise van Effen Excellence Scholarship

Delft University of Technology - Facultad de Ciencias Aplicadas • 2015 — 2017

Beca completa. Más información disponible aquí.

Proyecto final de pregrado con distinción en Ingeniería química

Universidad de los Andes • 2013

“Identificación de enzimas de interés ambiental a partir de una librería metagenómica derivada del bosque altoandino colombiano”. Supervisores: Andrés Fernando González Barrios, Johanna Husserl Orjuela. Disponible aquí.

Proyecto final de pregrado con distrinción en Ingeniería ambiental

Universidad de los Andes • 2011

“Diseño e implementación de un modelo matemático del ciclo silvestre de la transmisión de la enfernedad de Chagas”. Supervisor: Juan Manuel Cordovez Álvarez. Disponible aquí.

Beca Quiero Estudiar

Universidad de los Andes • 2008 — 2013

• Live coding (audio)
• Iconografía medieval y Tarot
• Bajo eléctrico

• Iacono G, Abay A, Gallego Murillo JS, Aglialoro F, Yağcı N, Varga E, Bijlsma T, Sohler J, Reisz JA, Argabright A, D’Alessandro A, Svendsen AF, von Lindern M, van den Akker E. “Differentiating erythroblasts adapt to mechanical stimulation by upregulation of cholesterol biosynthesis via S1P/SREBP-induced HMGCR expression”. Sci Rep. 2024 Dec 4;14(1):30157. doi:10.1038/s41598-024-81746-8.
• Gallego-Murillo JS, Iacono G, van der Wielen LAM, van den Akker E, von Lindern M, Wahl SA. “Expansion and differentiation of ex vivo cultured erythroblasts in scalable stirred bioreactors”. Biotechnol Bioeng. 2022 Nov;119(11):3096-3116. doi:10.1002/bit.28193.
• Gallego-Murillo JS, Yağcı N, Pinho EM, Wahl SA, van den Akker E, von Lindern M. “Iron-loaded deferiprone can support full hemoglobinization of cultured red blood cells”. Sci Rep. 2023 Apr 28;13(1):6960. doi:10.1038/s41598-023-32706-1.
• Simionato G, Rabe A, Gallego-Murillo JS, van der Zwaan C, Hoogendijk AJ, van den Biggelaar M, Minetti G, Bogdanova A, Mairbäurl H, Wagner C, Kaestner L, van den Akker E. “In vitro erythropoiesis at different pO2 induces adaptations that are independent of prior systemic exposure to hypoxia”. Cells. 2022 Mar 23;11(7):1082. doi:10.3390/cells11071082.
• Brickwedde A, Brouwers N, van der Broek M, Gallego-Murillo JS, Fraiture JL, Pronk JT, Daran JMG. "Structural, physiological and regulatory analysis of maltose transporter genes in Saccharomyces eubayanus CBS 12357T”. Front Microbiol. 2018 Aug 10:9:1786. doi:10.3389/fmicb.2018.01786.
• de Laat W & Gallego Murillo JS. "Single cell protein from thermophilic fungi". Patent EP3497203A1. 2017.

19^th Mexican Congress of Biotechnology and Bioengineering • Oct 2021

Presentación oral — Scale-up of the ex vivo production of red blood cells for transfusion purposes.

13^th European Congress of Chemical Engineering and 6^th European Congress of Applied Biotechnology (ECCE & ECAB) • Sep 2021

Presentación oral — Scale-up of the ex vivo production of red blood cells for transfusion purposes.

8^th Conference on Metabolic Pathway Analysis • Ago 2021

Presentación oral — Metabolic profiling of cultured erythroblasts for the large scale production of red blood cells.

International Society for Stem Cell Resarch (ISSCR) Annual Meeting • Jun 2021

Presentación de póster — Upscaling of ex vivo production of red blood cells for transfusion purposes.

Applikon Webinar Series • Sep 2020

Presentación oral — From cell biology and modelling to technology for high cell density cultivations of erythroblasts.

Scientific discussions on Clinical Hematology • Oct 2019

Presentación oral — Upscaling the ex vivo expansion of erythroblasts.

15^th Annual Conference of the Metabolomics Society • Jun 2019

Presentación de póster — Metabolomics analysis reveals depletion of key intermediates in oxidative stress-related pathways in high cell density erythroblast cultures.

Bioinformatics and Systems Biology (BioSB) Conference • Abr 2019

Presentación de póster — Metabolomics analysis of high cell density erythroblast cultures: small molecules trigger cellular oxidative stress.